Caracterización bioinformática de aptámeros de ADN seleccionados contra la proteína quinasa (PknG) d

Facultad, Ciencias de la Salud Programa Académico, Medicina Título, Caracterización Bioinformática de Abtámeros de ADN Seleccionados contra la Proteína Quinasa, PKNG, de Mycobacterium tuberculosis Autores Pesantes Morsan, Billy Rowe De Zavala Romagna, María Paz Resumen, la enzima PKNG es una de las 11 serinatriamina quinasas presentes en Mycobacterium tuberculosis. Estas enzimas regulan diferentes procesos fisiológicos. Se ha reportado que PKNG es responsable de inhibir la unión isosoma barra diagonal fagosoma en el interior de los macrófagos y así asegurar la supervivencia de la bacteria. Durante la última década se ha propuesto que la inhibición de la PKNG podría tener el potencial de afectar la enfermedad en su periodo de latencia, 3. En este estudio analizamos de manera bioinformática abtámeros de ADN frente a PNKG y a su dominio quinasa, RK, a partir de 7 librerías enriquecidas. Se utilizó el programa FASTA Abtamor para realizar filtros de selección en base a número de reads, RPM y abundancia. Adicionalmente se utilizaron los programas MFOLD y Oranec Composer para visualizar posibles estructuras secundarias. Durante el análisis se observó un promedio de 41.104 secuencias entre todas las librerías. Al analizar los ratios de enriquecimiento se observó que sólo el 10% de las secuencias contra la proteína completa y el 8.9% de las secuencias contra el dominio RK tuvieron un ratio de enriquecimiento mayor a 2. A partir de las 5 librerías seleccionadas contra la proteína Diana se seleccionó un top 10 basado en la abundancia de las secuencias. Se observó que el ratio de enriquecimiento promedio más alto, 3.68, se encontró en el top 10 de la librería sometida a una concentración de PKNG de 20 nM. Finalmente, a partir de los top 10 de las 5 librerías, se seleccionaron 9 aptámeros según la frecuencia de aparición en más de una librería. Se observó que la secuencia AKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKK